1952 übergibt der sowjetische Geheimdienst das Anwesen in der Lindenstraße an das Ministerium für Staatssicherheit. Bis Ende 1989 betreibt die Potsdamer Stasi-Bezirksverwaltung hier ihr Untersuchungsgefängnis (Abteilung XIV) und ihre Verhörzentrale (Abteilung IX).
Zwischen 1952 und 1988 werden an diesem Ort mehr als 6.200 Menschen inhaftiert, knapp 2.000 auf Grund von Fluchtdelikten verhaftet, mehr als 1.600 unter dem Vorwurf der „Spionage" und 900 werden der „staatsfeindlichen Hetze" beschuldigt. Mit dem Mauerbau 1961 geht ein Wechsel der Deliktvorwürfe einher. Wird der überwiegende Teil der Häftlinge zwischen 1952 bis 1961 dem Vorwurf der „Spionage" augesetzt, sind zwischen 1961 und 1988 Fluchtdelikte die häufigsten Haftgründe.
Von den 1970er Jahren an gelten für die Stasi-Untersuchungshaft drei Grundprinzipien:
vollständige Isolation, Desinformation und permanente Kontrolle.
Die Wärter der Abteilung XIV bewachen die Häftlinge im Drei-Schicht-System. Die Häftlinge dürfen in den Zellen keinerlei persönliche Gegenstände besitzen. Sie müssen Haftkleidung tragen und sind aller Rechte beraubt. Die Verpflegung ist in den 1950er und 1960er Jahren mangelhaft, später ausreichend, aber ohne Obst oder Gemüse.
Die Vernehmungsoffiziere der Abteilung IX werden im Zuge ihrer Ausbildung psychologisch geschult und verfügen über ein Spektrum an Verhörtechniken. Die Häftlinge werden in den Verhören eingeschüchtert und psychisch destabilisiert. Nach Abschluss der „Untersuchung" gibt die Abteilung IX den DDR-Gerichten das jeweilige Strafmaß vor.
Die Gerichte urteilen in der Regel nach diesen Vorgaben.
Am 27. Oktober 1989 beendet eine Amnestie für politische Häftlinge die Inhaftierung aus politischen Gründen in der DDR.
