Noch vor der Friedlichen Revolution hatte die DDR im September 1989 die Eintragung der Potsdamer Schlösser und Gärten in die Liste des UNESCO-Weltkulturerbes beantragt. Im Dezember 1990 erfolgte die Aufnahme der Potsdamer Kulturlandschaft. Dazu gehören neben dem Schloss Sanssouci mit seinen weitläufigen Parkanlangen und historischen Gebäuden und dem Neuen Garten mit dem Marmorpalais und Schloss Cecilienhof auch die vor der deutschen Wiedervereinigung in Westberlin gelegenen Schloss- und Gartenanlagen in Glienicke sowie die Pfaueninsel. Später wurden noch weitere Areale der Potsdamer Kulturlandschaft auf der Liste ergänzt. Mit der Gründung des Bundeslandes Brandenburg im Oktober 1990 wurde Potsdam schließlich Landeshauptstadt.
Zu diesem Zeitpunkt waren die Spuren der deutschen Teilung in der Stadt noch deutlich sichtbar. Neben den im Stadtbild bis 1994 präsenten sowjetisch-russischen Soldaten und den noch vorhandenen Grenzanlagen zu Westberlin hinterließ die DDR eine sichtbar marode historische Bausubstanz. Weite Teile der Potsdamer Innenstadt glichen einem verwahrlosten Abrissviertel. Die sozialistischen Plattenbauten ergänzten zudem die Stadtsilhouette und damit das Bild der über Jahrhunderte gewachsenen Kulturlandschaft nur unzureichend. Einer der ersten richtungsweisenden Beschlüsse der im Mai 1990 erstmals seit 1933 wieder frei und demokratisch gewählten Stadtverordnetenversammlung war daher die „behutsame Wiederannäherung an das charakteristische, gewachsene historische Stadtbild“.
In den folgenden drei Jahrzehnten resultierte daraus eine intensive Bautätigkeit. Das bereits seit 1979 unter Denkmalschutz stehende Holländische Viertel mit seinen charakteristischen Backsteinhäusern wurde zum ersten Sanierungsgebiet der Stadt erklärt. Weite Teile der Potsdamer Innenstadt aus dem frühen 18. Jahrhundert sowie die Weberhäuschen in Babelsberg-Nord und die Straßenzüge aus der Gründerzeit in Babelsberg-Süd folgten als Sanierungsgebiete.
In den 1990er Jahren war Wohnraum in der Innenstadt aufgrund ungeklärter Eigentumsverhältnisse, baulichem Verfall und großem Leerstand Mangelware. Hausbesetzer erklärten etwa 20 Gebäude zu „alternative Wohnformen“, bei deren Räumungen es wiederholt zu Krawallen, Straßenschlachten und Festnahmen durch die Polizei kam. Um die Nachfrage an Wohnraum zu decken, entstand am südöstlichen Stadtrand zwischen 1991 und 1997 mit dem Kirchsteigfeld ein komplett neuer Stadtteil mit 2.500 Wohnungen sowie Schulen, Kitas, Sport- und Freizeiteinrichtungen, Grünflächen und einer Kirche.
Das mehr als 250 Jahre lang militärisch genutzte Bornstedter Feld wurde nach dem endgültigen Abzug der russischen Truppen 1994 unter der Maßgabe des Erhalts und der Nachnutzung der ortsprägenden historischen Kasernen-Anlagen seit den 2000er Jahren als Wohngebiet neu erschlossen. Richtungsweisend für die Entwicklung des Areals war die Bewerbung der Stadt für die Bundesgartenschau. Heute bildet der ehemalige BUGA-Park als Volkspark im Potsdamer Norden das grüne Zentrum des Stadtteils und verbindet die königlichen Gartenanlagen von Sanssouci mit der Bornimer Feldflur.
Auch die bestehenden DDR-Plattenbausiedlungen in den Stadtteilen Drewitz, Stern, Schlaatz und Waldstadt wurden in den letzten Jahren hinsichtlich Wohnqualität, Sozialverträglichkeit und Klimaneutralität weiterentwickelt, auch um der steigenden Einwohnerzahl gerecht zu werden. Zählte die Stadt Potsdam 1989 etwa 141.000 Einwohnerinnen und Einwohner, wächst sie nach einem Rückgang auf rund 127.000 im Jahr 1999 wieder kontinuierlich. Mit der teilweise sehr kontrovers diskutierten Eingemeindung von Golm sowie den Dörfern Groß Glienicke, Fahrland, Neu Fahrland, Marquardt, Satzkorn und Uetz-Paaren im Zuge der Verwaltungsgebietsreform 2003 vergrößerte sich die Stadtfläche um 78 auf 187 Quadratkilometer. Die Bevölkerungszahl wuchs schlagartig um 11.000 Einwohner. Den 180.000ste Bürger begrüßte Potsdam im November 2019.
Im April 1992 wurde die seit dem Mauerbau 1961 unterbrochene S-Bahn-Verbindung nach Berlin wieder eröffnet und bis 1999 die – nicht unumstrittene – Neugestaltung des Potsdamer Hauptbahnhofes geplant und realisiert.
In der Stadtgesellschaft wurden und werden insbesondere Neubauten nach historischem Vorbild oder in moderner Architektur – wie der neue Hauptbahnhof oder der Wiederaufbau der Garnisonkirche – kontrovers diskutiert. Die Bürgerschaft wurde daher in wegweisende stadtbauliche Entscheidungsprozesse unmittelbar mit einbezogen. Nach dem Beschluss des Brandenburgischen Landtags im Mai 2005 für ein neues Parlamentsgebäude auf dem historischen Grundriss des 1959/60 abgerissenen Stadtschlosses votierte die Mehrheit der Potsdamer in einer Bürgerbefragung für einen Parlamentssitz im historischen Gewand und auf dem Standort des alten Stadtschlosses am Alten Markt. Nach nur vier Jahren Bauzeit wurde das neue Landtagsgebäude 2014 eröffnet. Mit den Häusern an der Alten Fahrt um das Museum Barberini und den neuen Innenstadtquartieren auf dem Areal des 2018 abgerissenen Fachhochschulgebäudes entwickelt sich der Alte Markt wieder zur Potsdamer Stadtmitte.
Die Potsdamer Bürgerinnen und Bürger bestimmten in einer Bürgerbefragung im Jahr 2012 auch den Standort für ein neues Familien-, Spaß- und Sportbad am Fuße des Brauhausbergs, das 2017 fertiggestellt wurde. Es ergänzt unter anderem die zahlreichen Freizeitsportanlagen am Luftschiffhafen, wo sich seit den 1960er Jahren Spitzensportler auf Wettkämpfe vorbereiten. Heute befindet sich hier ein Olympiastützpunkt für Kanu-Rennsport, Rudern, Leichtathletik, Schwimmen und Ringen.
Mit seinen fünf Hochschulen und zahlreichen weiteren außeruniversitären Forschungseinrichtungen etablierte sich Potsdam zudem als bedeutender nationaler und internationaler Wissenschaftsstandort. Seit Oktober 2019 trägt die Stadt in Anerkennung der über 100jährigen Filmtradition in der Medienstadt Babelsberg den UNESCO-Titel „Kreative Stadt des Films“.
(Autor: Dr. Johannes Leicht, Geschichtslotsen)