Naturkundemuseen sind Archive des Lebens und die ältesten Museen der Welt. Das 1909 gegründete Städtische Museum Potsdam besaß von Beginn an eine naturwissenschaftliche Abteilung. Vor 100 Jahren war das Interesse an den Naturwissenschaften und an der Vielfalt des Lebens groß. Damals war Darwins Evolutionstheorie erst 50 Jahre alt und erregte die Wissenschaft und das Bürgertum gleichermaßen. Ernst Haeckel, der in Potsdam geborene große Naturwissenschaftler, war einer der Protagonisten bei der Verbreitung der Darwinschen Evolutionstheorie. Darwins und Haeckels Auffassungen durften in preußischen Lehranstalten zeitweise nicht verbreitet werden.
Naturwissenschaftlich engagierte Bürger aus Potsdam und Berlin unterstützen die naturwissenschaftliche Abteilung des Städtischen Museums mit umfangreichen Sammlungen. Von 1909 bis 1911 wurden durch Major a. D. Koch, den Oberlehrer Baes, den Apotheker Huguenel und einem Charlottenburger Bürger umfangreiche Sammlungen zusammengetragen und dem Museum geschenkt. Darunter waren hervorragende Schmetterlings- und Käfersammlungen, Gesteins- und Mineraliensammlungen, seltene „ausgestopfte Tiere" und eine Sammlung verschiedenster Holzarten. So konnte im Jahr 1931 im Stadtschloss ein Naturkundemuseum eröffnet werden. Durch den 2. Weltkrieg gingen die wertvollen naturkundlichen Sammlungen verloren.
Ab 1956 wurden mit großem Engagement und Aufwand neue naturkundlichen Sammlungen zusammengetragen, anfänglich als Naturkundebereich des Bezirksheimatmuseums Potsdam, später des Potsdam-Museums. Das Naturkundemuseum übernahm die umfangreiche Schmetterlingssammlungen des Potsdamer Entomologischen Vereins, darunter die Sammlung des Potsdamer Ehrenbürgers Max Volmer. Die Gebäude Breite Straße 13 und Breite Straße 11 wurden ab 1960 Ausstellungs-, Arbeits- und Magazingebäude des Bezirksmuseums, mit den zwei Museumsbereichen „Naturkunde und Umwelt" sowie „Geschichte und Kunst". Mit der ersten Generalrekonstruktion des Hauses Breite Straße 13 (1977 bis 1982), dem ehemaligen „Ständehaus der Zauche", wurden nicht nur die Kriegsschäden beseitigt. Beide Museumsbereiche des damaligen Potsdam-Museums konnten nun Teile ihrer umfangreichen Sammlungen in modernen Ausstellungsräumen in der Breiten Straße 13 präsentieren. Ein besonderer Höhepunkt der Museumseröffnung war am 18. Mai 1983 die Übergabe des großen Kaltwasseraquariums „Fische der Havelgewässer" an die Öffentlichkeit.
Von 1997 bis 2001 erfolgte die zweite Sanierung der Breiten Straße 13. Mit der feierlichen Eröffnung des umfassend sanierten und an heutige museale Anforderungen angepasste Ausstellungsgebäude in der Breiten Straße 13 am 14. November 2001, übergab der damalige Oberbürgermeister Potsdams, Matthias Platzeck, nicht nur mehrere Ausstellungen und das Kaltwasseraquarium „Fische Brandenburgs" der Öffentlichkeit, sondern zugleich wieder ein Naturkundemuseum. Erstmalig in seiner Geschichte verfügt das Naturkundemuseum Potsdam nun über ein eigenes Ausstellungsgebäude. Einem breiten Publikum wird seitdem ein umfangreicheres Ausstellungs- und Veranstaltungsangebot zu aktuellen Natur- und Umweltthemen Brandenburgs, aber auch zu weltweit relevanten Themen geboten. Als erstes Haus in der Breiten Straße erhielt das Ständehaus im Sommer 2005 seinen historischen barocken Vorgarten wieder.
Der Sammlungsbestand des Naturkundemuseums ist bis zum Jahr 2009 auf über 250 000 Exponate angewachsen. Dabei wurde das Museum von vielen Bürgern unterstützt.
Durch die Übernahme der Mineraliensammlung MANN im Oktober 2006, einer Übersichtsammlung aus Mitteleuropa mit 3 000 Handstücken und der Sammlung LIEBERENZ im Januar 2009 mit über 800 prächtigen Mineralien, konnte das Museum seine mineralogische Sammlung vervollständigen. Die Schmetterlingssammlungen OHNESORGE, BROCKWITZ und KRICKELDORF mit fast 30 000 Objekten aus Brandenburg, Berlin und Europa vervollständigen die entomologischen Sammlungen des Museums. Viele weitere zoologische Exponate, darunter Vögel, Säugetiere, Fische, Krebse und Insekten, bereichern heute die Sammlungen. Sie sind Zeugnisse der Naturausstattung Brandenburgs und dokumentieren die Vielfalt der Tierwelt unseres Landes, geben aber auch Auskunft über die Veränderungen in der Artenvielfalt. Für die Forschung gewinnen die Sammlungen zunehmend an Bedeutung.
Die Foyerausstellung „Schatzkammer der Natur - 100 Jahre Naturkundemuseum" vom 17.05. bis 31.12.2009 informiert über die Vielfalt der Sammlungen.
Auch Darwin und Haeckel spielen im 100sten Jahr des Bestehens des Naturkundemuseums Potsdam eine wichtige Rolle. Im Darwinjahr 2009 widmet das Naturkundemuseum dem großen Naturwissenschaftler eine Vortrags- und Lesereihe, die sich über das gesamte Jahr erstreckt. Gestartet wurde mit „100 Bildern - und 100 Fakten" zur Evolutionstheorie. Weiter geht es im April mit einem Vortrag zu „Pleiten und Pannen im Bauplan der Natur". Am Internationalen Museumstag, am 17. Mai 2009, kommt Charles Darwin selbst zu Wort. Gemeinsam mit dem Naturkundlichen Museumsverein Brandenburg e.V., dem Förderverein des Naturkundemuseums, werden die „Naturkundlichen Lesungen" eröffnet. In der ersten Ausgabe liest zibb Moderator Harald Pignatelli aus dem Buch „Die Entstehung der Arten durch natürliche Zuchtwahl". Der bedeutende Naturwissenschaftler und gebürtige Potsdamer Ernst Haeckel wird im September mit einer Sonderausstellung geehrt.
