Hinter den Kulissen liefen die Vorbereitungen für die Eröffnung des gesamten Museums mit der ersten Kunstausstellung zum 100. Geburtstag des Potsdamer Ehrenbürgers Siegward Sprotte sowie der ständigen stadt- und kulturhistorischen Ausstellung auf Hochtouren. Parallel zur inhaltlichen Konzeption wurden die strukturellen und konservatorischen Maßnahmen in den Sammlungsdepots durchgeführt. Die gesamte Abteilung Malerei (in den Beständen ab 1945) mit 3.500 Objekten erfuhr bis März 2012 eine neue räumliche Verortung und Aufstellung. Anschließend wurde die gesamte Grafik (ca. 3500 Grafiken) der ehemaligen Galerie Sozialistische Kunst neu gegliedert und konservatorisch aufbereitet.
Das Potsdam Museum erhielt Mitte 2012 das Sammlungsmanagementprogramm „imdas pro" und hat seit einer Prüfungsphase mehreren Mitarbeitern die digitale Erfassung der Sammlungen übertragen. Auch die Fachbibliothek wurde weiter inventarisiert und erstmals digital erfasst. Das gesamte Vorhaben wird viele Jahre der Eingabe sowie der zeitgleichen Sichtung und Kontrolle der über 200.000 Sammlungsobjekte umfassen. „Der Objektbestand des Potsdam Museums muss zudem konservatorisch aufbereitet werden. Das erfordert eine äußerst umfangreiche Planung und erstreckt sich über die nächsten Jahre", sagte Museums-Direktorin Dr. Jutta Götzmann. Das Haus erhielt dabei auch externe Unterstützung - durch eine Bürgerarbeiterin, studentische Praktikanten sowie mehrere ehrenamtliche Mitarbeiter. So arbeitet im Bereich der Transkription wichtiger Schriftquellen eine ehrenamtliche Mitarbeiterin an der Übertragung der frühen Tagebücher Siegward Sprottes. Desweiteren hat die Verbesserung der bisherigen konservatorischen Lagerung der Objekte in den Depots gemäß internationaler ICOM- Richtlinien besondere Priorität.
Besonders hervorzuheben sind die zahlreichen Schenkungen, die das Potsdam Museum 2012 erhalten hat. „Durch unsere so erfolgreich gelaufene Friedrich-Ausstellung ist es uns gelungen, das Museum wieder mehr ins Blickfeld der Potsdamer zu rücken. Wir freuen uns besonders über die Schenkungen der Potsdamer Künstler und Künstlerinnen, unter anderem von Barbara und Karl Raetsch sowie Christian Heinze, ebenso über den bedeutenden Grafikbestand zur DDR-Kunst aus einer Berliner Privatsammlung, " resümierte Dr. Jutta Götzmann. Ankäufe konnten auch durch Sponsoren realisiert werden, so ermöglichte die Fielmann AG den Erwerb zweier Gemälde spätimpressionistischer Landschaften, die Bahnhofspassagen den Erwerb der Künstlermappe von Claudia Berg. Die militärhistorische Sammlung und die Bibliothek wurde durch die Schenkung der umfangreichen Sammlungen des Fördervereins „Militärmuseum Brandenburg-Preussen e.V." von Herrn Schobeß und Herrn Frank an das Museum übergeben. Die intensive Sponsoringarbeit hat sich darüber hinaus ausgezahlt, es konnten zusätzliche Mittel für die Vorbereitungen der Eröffnungsausstellung in einer Gesamthöhe von 93.000 € eingeworben werden. So haben die Bahnhofspassagen Potsdam, die Brandenburgische Landesregierung, E.ON edis, Kulturland Brandenburg e.V., die Siemens-Kunststiftung, der von Rohdichsche Legatenfonds und Potsdamer Privatpersonen das Potsdam Museum aktiv gefördert.
Besondere Unterstützung erfuhr das Museum traditionsgemäß durch seinen Förderverein. Durch die Spenden in Höhe von ca. 10.000 Euro konnten wichtige Restaurierungsvorhaben, beispielsweise für die Friedrich-Ausstellung, unterstützt und Ankäufe ermöglicht werden. Dazu gehört der Erwerb eines wichtigen Portraits von Heinrich Basedow d.J.. Ebenso wurden durch Vermittlung des Fördervereins zahlreiche Schenkungen aus privater Hand wie der schriftliche und fotografische Nachlass von Dr. Hans Karl Fritzsche realisiert.
Im Jahr 2012 wurde das 2011 von der Arbeitsstelle für Provenienzforschung bei Institut für Museumsforschung Stiftung Preußischer Kulturbesitz geförderte Projekt zur Provenienzforschung im Potsdam Museum erfolgreich fortgesetzt. So wurden u.a. drei Bände jüdischer Provenienz an die Bibliothek der Universität Potsdam restituiert. Die aufgebauten Kontakte zu den Hochschulen und Fachhochschulen setzen sich in gemeinsamen Seminaren und in der Betreuung von Diplomarbeiten fort. Zudem wurden in 2012 weitere Planungen für Ausstellungsprojekte der Jahre 2013 bis 2015 entwickelt. Das Potsdam Museum freut sich besonders 2013 mit dem Filmmuseum zu kooperieren und in der Zeit der sanierungsbedingten Schließung verschiedene Filmveranstaltungen auszurichten, z.B. das Jüdische Filmfest, Filmmatineen mit Potsdam- Filmen und das Berlinale-Nachspiel 2014.
Im Mittelpunkt des Jahres 2013 steht das 100-jährige Geburtsjubiläum des international anerkannten Künstlers Siegward Sprotte, den Potsdam 2003 als Ehrenbürger auszeichnete. (Eröffnung: 13. April 2013). In Kooperation mit dem Schleswig-Holsteinischen Landesmuseum für Kunst und Kulturgeschichte in Schloss Gottorf präsentiert das Potsdam Museum die Retrospektive auf einer Fläche von 600 Quadratmetern. Die Ausstellung stellt die Entwicklung des Künstlers zwischen unterschiedlichen Polen von der gegenständlichen zur abstrakten Malerei anhand von ausgewählten Werkgruppen vor. Eine in elf Themenmodule gegliederte Dauerausstellung wird ab Herbst 2013 auf 700 Quadratmetern im ersten Obergeschoss die Stadtgeschichte, ihre bürgerliche Ausformung sowie künstlerische und kulturelle Entwicklungen nachzeichnen und insbesondere einen biographischen Ansatz verfolgen. In sieben Sitzungen wurde das Konzept mit dem wissenschaftlichen Beirat des Museums, in dem auch Prof. Pröve, Historiker der Universität Potsdam vertreten ist, abgestimmt.
